İstiklal Mahkemelerinin kurulması TBMM’ye karşı çıkanlara yönelik oldu. Anadolu’da yaşayan halkın huzurunu bozmak, ayaklandırmalar başlatarak TBMM karşı isyana kalkışmalarını teşvik edenlere karşı kuruldu. Rejim karşıtı olanlar, askerden kaçanlar ve TBMM’nin varlığının tehdit edenlere yönelik yapıldı. Hıyanet-i Vataniye Kanunu dahilinde yargılanarak cezalandırılmışlardır.
İstiklal Mahkemesinin üyeleri TBMM üyeleri arasından seçilerek faaliyete sokulmuştur. Alınan kararların temyize gönderilmeden karara bağlanmaktadır.
Mahkemenin kurulma amacı askerden firar edenlerin orduya katılmaları, ayaklanmaların bastırılması, ülkenin huzura ulaşması, halkı kışkırtanların önüne geçilmesi, vergilerin düzenli toplanması, askere alımların gerçekleşmesi hedefleri doğrultusunda olmuştur. İstiklal mahkemeleri sayesinde ayaklanmaların önüne geçilerek huzura ulaşılmıştır. Türkiye’nin kaderinin belirlenmesinde, karışıklıkları fırsat bilenlerin umutlarının yıkılmasında önem taşımıştır. Bu sayede kendilerini korumuş geleceğe sağlam adımlar atar olmuşlardır.